為訓練學生動手實作的習慣、實事求是的工作態度及跨領域團隊合作與溝通的能力，並具備實驗、實作及資料整合分析的能力，本系特規劃連續2~3學期之專題實作課程。學生經選定本系專任教師擔任其專題實作指導老師後，便可進入其研究室進行專題相關活動。

本系專任教師皆擁有專屬的研究室空間與設備，提供學生完善的專題實作訓練。並規劃學生於在學期間參加校內外各項專題競賽，累積學生參賽實力與實作能力。本系歡迎對專題有強烈興趣的同學提前至研究室學習觀摩，提早預備接受相關訓練。

本系目前共有七大研究室，分別為：

•  — 輔具系統與電路設計研究室(K102-01)
•  — 生理調控訊息分析研究室(K103-01)
•  — 組織工程與再生醫學研究室(K108)
•  — 微循環與運動生理學研究室(K105)
•  — 臨床工程與系統設計研究室(J206)
•  — 人體動作分析研究室(J603-03)
•  — 醫學逆向工程與力學分析研究室(K104-01)

指導老師不定期會與校內外專家學者進行跨領域研究合作，對於同學在醫工領域的專題實作探索將有非常大的助益。